L'intestin est perméable. Son rôle est d'assurer le passage des nutriments vers le sang et d'empêcher les parasites, les agents pathogènes, les enzymes, les acides et les toxines (qui sont normaux et omniprésents dans le tractus) de pénétrer dans le reste du corps. En cas d'infection, on parle d'hyperperméabilité intestinale. Les bactéries et les toxines peuvent aboutir directement dans la circulation sanguine et occasionner des réactions inflammatoires et une grosse dépense d'énergie pour la vache.