La fiabilité des filiations se renforce, grâce à l’intégration des données génomiques

La filière bovine française franchit une nouvelle étape dans la fiabilisation des filiations, grâce à l’intégration automatisée des contrôles de parenté issus de l’indexation génomique dans les bases nationales. « Cette évolution apporte également une garantie supplémentaire de la fiabilité des index fortement dépendants de la qualité des filiations, » souligne France Génétique Elevage, l’interprofession de la génétique des ruminants.

L’initiative a permis de reprendre et d’exploiter l’intégralité des contrôles de parenté présents dans SIGENO, la base de données dédiée aux génotypages pour la sélection génomique, soit près de 5,9 millions d’informations brutes. Après traitement, « 3,2 millions de contrôles de parenté ont été intégrés dans la Base ADN, base intermédiaire de stockage des données ADN pour les vérifications de filiation ». Parmi eux, 1,27 million, basés sur des références d’analyses déjà connues en base, a été transmis au BIGRb et mis à la disposition des EDE. Ces données, auparavant limitées à l’usage interne de l’indexation génomique, deviennent pleinement exploitables dans le cadre du dispositif de la Certification des Parentés Bovines (CPB).

Un flux automatisé hebdomadaire

Depuis décembre 2025, un dispositif technique permet l’intégration hebdomadaire des contrôles de parenté réalisés à l’occasion du calcul des index génomiques dans :

• la Base ADN qui centralise toutes les vérifications faites quel que soit le contexte,

• le BIGRb, base interprofessionnelle utilisée par les acteurs du DGF pour la l’enregistrement et la certification des filiations (elle valorise les informations de filiation pour lesquelles les conditions de réalisation du prélèvement respectent les règles définies par FGE).

Chaque lundi, un fichier exhaustif issu de SIGENO est transmis automatiquement. Un traitement préalable identifie : les nouvelles informations ; les mises à jour ; les éventuelles suppressions et élimine les données non exploitables.

Les informations validées sont ensuite intégrées dans les bases nationales, garantissant une actualisation rapide et fiable pour tous les utilisateurs.

Un nombre très limité d’incohérences, pour les filiations déjà certifiées

« Ce projet repose sur trois piliers complémentaires », précise France Génétique Elevage.

• Un volet contractuel : les Organismes de Sélection (OS) ont autorisé GenEval, responsable du calcul des index, à transférer les contrôles de parenté vers les bases nationales.

• Un volet technique : un flux automatisé a été conçu entre SIGENO, la Base ADN et le BIGRb, assurant une circulation fluide, sécurisée et standardisée des données.

• Un volet opérationnel : les contrôles de parenté issus de l’indexation génomique sont désormais considérés aussi fiables que ceux produits par le module FGE à partir des analyses ADN transmises par les laboratoires, sous réserve que les prélèvements et analyses soient correctement enregistrés dans le BIGRb. « Une comparaison avec les filiations déjà certifiées a révélé un nombre très limité d’incohérences, confirmant la robustesse du dispositif ».

Le lot suivant de ce projet consistera à partager les jeux de 200 marqueurs SNP de l’ADN utilisés, pour réaliser les vérifications de filiation. Ces jeux de 200 marqueurs, extraits des génotypages utilisés pour l’indexation génomique, sont déjà majoritairement transmis par les laboratoires et le lot 2 du projet vise à obtenir l’exhaustivité. « Dans un premier temps ces approvisionnements pourront se faire à la demande au coup par coup, l’information de connaissance de cette référence ADN existant désormais dans la base ADN ».